La biblioteca prende il nome dal vescovo Angelo Maria Querini che, tra il 1746 ed il 1749, la fece erigere nel complesso del Palazzo Vescovile di Brescia, affidandone il progetto all'architetto Giovanni Battista Marchetti, e le donò circa 1500 volumi della sua collezione privata. Nel 1750 la biblioteca fu aperta al pubblico e nel 1797 viene dichiarata Biblioteca nazionale della Repubblica Cisalpina, arricchendosi in seguito di fondi provenienti da conventi e monasteri soppressi in età napoleonica. Nel XX secolo sono confluiti in questa biblioteca numerosi lasciti e librerie private, tra queste quelle dei Martinengo da Barco, Lechi, Zanardelli, Di Rosa, Alessandro Sina e Paolo Guerrini. Il 13 luglio 1944 a seguito di un bombardamento la struttura viene danneggiata. Essa è stata recentemente sottoposta a ristrutturazione per renderla più funzionale ai nuovi compiti imposti ad una biblioteca moderna. Le raccolte sono custodite nei depositi chiusi al pubblico, dove si trovano circa 11 km di scaffalature.
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