L’Accademia conserva numerosi fondi privati di scienziati, soci, donati da loro stessi o dalle famiglie, affinché tale patrimonio, che altrimenti sarebbe stato a grave rischio di dispersione, fosse custodito e valorizzato.
In particolari i fondi:
- Enrico Bompiani (1910-1975)
- Giovanni Battista Bonino (1934-1984)
- Vincenzo Caglioti (1940-2000)
- Stanislao Cannizzaro (1840-1928)
- Michele La Rosa (1903-1936)
- Antonio Lombardi (1811-1849)
- Damiano Macaluso (1871-1941)
- Giovanni Battista Marini Bettolo (1955-1992)
- Domenico Marotta (1919-1971)
- Arturo Miolati (1875-1951)
- Nicola Parravano (1912-1984)
- Pasquale Pasquini (1916-1977)
- Emanuele Paternò (1847-1935)
- Augusto Righi (1886-1920)
- Gian Tommaso Scarascia Mugnozza (1955-2011)
- Giovanni Semerano (1961-1984)
- fondo di documenti relativo a Amedeo Avogadro (1820-1978)
- fondo di documenti relativo a Federico Millosevich (1897-1923)
- fondo di documenti relativi a Guglielmo Marconi (1901-2000).
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