Lo Statuto originario della Società Italiana prevedeva che la sede della stessa fosse fissata presso la città di residenza del Presidente in carica. Tale disposizione che stabiliva espressamente la mancanza di una sede fissa, aveva l’intento di evitare che il sodalizio venisse associato in maniera preferenziale a uno degli stati pre-unitari.

Dopo l’Unità d’Italia, l’allora presidente della Società Italiana Sen. Francesco Brioschi pone, per primo, la questione del trasferimento della sede del sodalizio a Roma da poco divenuta Capitale, auspicando anche l’ipotesi di una fusione con l’Accademia Nazionale dei Lincei, della quale fu per molti anni presidente.

Soltanto nel 1875, il successore di Brioschi, Arcangelo Scacchi, riesce a trasferire definitivamente la sede della Società Italiana da Modena a Roma, presso locali della Scuola di Ingegneria in San Pietro in Vincoli.

Presso la sede di San Pietro in Vincoli i XL rimangono fino al 1934, quando il governo fascista decreta per legge il trasferimento della Società dei XL presso la “Reale Accademia dei Lincei”, che in quel periodo è prima sottoposta a commissariamento e poi incorporata nella Reale Accademia d’Italia. Se formalmente i XL hanno sede presso la Villa Farnesina, a partire dal 1935 l’archivio e parte della biblioteca sono trasferiti, per opera dell’allora amministratore Guido Castelnuovo, presso la costituenda Scuola di Matematica all’interno della Città Universitaria di Roma.

Nel 1951, l’Accademia Nazionale dei XL è ospitata presso l’Istituto Superiore di Sanità, in Via del Castro Laurenziano, grazie al segretario Domenico Marotta, all’epoca direttore dell’Istituto.

Nel 1965 l’Accademia deve abbandonare l’Istituto e si trasferisce presso alcuni locali della Banca Nazionale di Agricoltura in Via del Corso.

A partire dal 1968 trasloca in un appartamento in affitto in Via Nazionale.

Nel 1975, grazie al presidente Beniamino Segre, l’Accademia si trasferisce presso il Palazzo della Civiltà del Lavoro all’EUR, rimanendovi per circa venti anni.

Nel 1995, obbligata a lasciare la sede del Palazzo della Civiltà del Lavoro, l’Accademia trasloca, provvisoriamente, presso Villa Lontana sulla Via Cassia. La Villa è parte del lascito istituito dall’avv. Cesare Tumedei a favore dell’Accademia, con l’obbligo, in qualità di amministratrice, di liquidare il patrimonio e di utilizzare i proventi per l’acquisto di macchinari di cardiologia e nefrologia da destinare agli ospedali romani.

Nel 2000 l’Accademia Nazionale delle Scienze detta dei XL si trasferisce definitivamente presso il Villino Rosso di Villa Torlonia, dato in concessione dal Comune di Roma. L’Accademia ha interamente restaurato a proprie spese l’edificio per adibirlo a sede delle proprie attività istituzionali.